超声波清洗器采用超声波清洗的原理，可以达到物体的综合清洗效果，特别是深孔、盲孔、凹凸槽清洗是最理想的设备，不影响任何物体的材料和精度。它应用于生化、物理、医学、科学研究和学校实验，可用于样品提取、脱气、混合和细胞破碎。
超声波清洗器的清洗原理是超声波发生器发出的高频振荡信号，通过转换器转换为高频机械振荡，传播到介质清洗溶剂中，超声波在清洗液中密集向前辐射，使液体流动产生数万个直径为50~500um的小气泡，液体中的小气泡在声场的作用下振动。这些气泡在超声波纵向传播的负压区域形成。生长，在正压区域，当声压达到一定值时，气泡迅速增加，然后突然关闭。当气泡关闭时，会产生冲击波，周围会产生数千个大气压，破坏不溶性污垢，使其分散在清洗液中。当集团颗粒被油包裹并粘附在清洗部件表面时，油乳化，固体颗粒分离，从而达到清洗部件净化的目的。在这种被称为空化效应的过程中，气泡闭合可以形成数百度的高温和1000多个瞬时高压，持续产生瞬时高压就像一系列的小爆炸不断冲击物体表面，使物体表面和间隙污垢迅速剥落，从而达到物体表面清洁净化的目的。
在超声波清洗过程中，肉眼可以看到的气泡不是真空核气泡，而是空气气泡，抑制空化，降低清洗效率。只有液体中的空气气泡完全被拖走，真空核气泡的空化才能达到最佳效果。
用超声波清洗器处理样品时，时间越长越好。在正确的温度下清洗适当的时间，效果会更好。
由于其清洗速度快、效果好等优点，超声波清洗器逐渐取代了传统的清洗、振动清洗、蒸汽清洗等工艺方法。超声波清洗器也经常用于在液体介质中分散固体颗粒。
